En marge de l'intrigue commune, on trouve quantité d'autres correspondances, avec toujours de légers décalages, qui produisent un véritable effet d'ironie. En effet, sous les dehors paisibles d'un film au long cours tranquille, de nombreux détails contestent sournoisement la crédibilité de certains personnages, révisent la lecture du roman de Flaubert ou transforment son propos. Cette lecture souterraine fait de Madame Bovary une sorte d'horizon convoqué à chaque détour du film pour être mieux refoulé. C'est à un décryptage de chaque information qu'appelle Val Abraham, comme à la recherche d'un contenu latent. Le film de Manoel de Oliveira procéderait en somme comme les rêves, réutilisant les éléments du livre pour opérer condensations et déplacements. 
Carlos, premier personnage à se présenter, est le premier à subir une modification : à M. Cardeano, le père d'Ema, qui lui a demandé son nom et le remercie des gouttes de miel offertes, il répond par un "médecin et laboureur, pour vous servir." Il nous semble inutile d'insister sur l'effet ironique d'une telle présentation, d'une telle juxtaposition de fonctions. Le prosaïsme suranné du métier de laboureur semble contredire la respectabilité que reconnaît la société à celui de médecin - même si Carlos, le futur mari d'Ema, voulait dire par là qu'il possédait des terres, et montrer ainsi qu'il a du bien. Et si le terme de médecin permet l'identification à Charles, en faisant écho à son titre d'officier de santé, "laboureur" n'évoque rien avec certitude de Madame Bovary, si ce n'est le métier de M. Bovary père, suggérant ainsi l'état comme régressif de Carlos, l'absence d'évolution personnelle. Dans son incongruité même, l'expression "médecin et laboureur" trouve donc une certaine pertinence au sein de Val Abraham : elle indique qu'Ema ne pourra pas former de rêves à partir d'un tel homme, ni avoir pour lui d'ambitions, comme ce fut quelque temps le cas d'Emma. Ainsi, le malencontreux épisode de l'opération du pied-bot n'aura pas lieu. 
De nombreux détails vont d'ailleurs mettre en doute la compétence de Carlos en médecine - comme c'est le cas pour Charles chez Flaubert - à commencer par sa réflexion sur les médecins, qui "ne sont bienvenus que pour les purges et les saignées" (séquence du restaurant). Mais le discrédit est surtout jeté sur Carlos par une ironie souterraine, un travail de sape qui n'apparaît pas aussitôt. Il s'agit d'un éclatement de certaines scènes du livre et d'une dispersion de leurs éléments, d'une reprise de leurs thèmes à travers quantité de petites notations discrètes mais non moins efficaces. Les circonstances de la rencontre de Carlos et d'Ema introduisent déjà l'idée du médecin incapable. Elle a lieu en effet dans un restaurant de Lamego, pendant la fête de Notre Dame des bons Remèdes. Que vient donc faire notre médecin dans cette fête religieuse, où l'on s'en remet à la Vierge pour guérir? N'est-il pas déjà désigné comme incapable, comme ayant recours à des procédés échappant au domaine de la science? 
La présence du père d'Ema ne semble pas plus innocente. En effet c'est de sa santé qu'il entretient tout de suite Carlos : "L'âme du vieil homme s'éclaira face au médecin laboureur", nous explique la voix off; "Il lui conta le long chapelet de ses maladies passées." C'est donc toujours douleurs et blessures qui occasionnent la rencontre des deux futurs époux; chez Flaubert, il s'agissait plus exactement d'une fracture. Serait-ce le présage d'une vie sous le signe de la maladie?... Ni le livre ni le film ne contredisent une telle idée : nos deux médecins ne sauront pas guérir leurs femmes de leur étrange maladie, de cette insatisfaction enracinée dans leur être. 
Dans un œuvre comme dans l'autre, les hommes n'ont d'ailleurs que peu de relief. C'est là un point sensible que souligne Val Abraham : aussi bien le père d'Ema que son mari semblent vivre dans l'ombre de celle-ci. C'est à peine si on peut leur imaginer une vie propre. Plus distant, mais aussi plus évanescent, Osorio n'a rien à leur envier : son personnage se trouve d'ailleurs jouer à la fois le rôle du vicomte de Madame Bovary, puisqu'il est au bal et qu'il y perd son étui à cigares, et celui de Rodolphe, puisqu'il est le premier amant d'Ema. Cette condensation des rôles dans un même personnage, qui en fait comme l'archétype du séducteur, s'effectue aisément dans la mesure où sont respectées leurs fonctions : comme le vicomte aperçu au bal, Osorio est un prétexte pour les rêveries d'Ema; et comme Rodolphe, Osorio initie la jeune femme à l'adultère et l'aiguille sur le chemin de la "corruption"... Mais très vite, ce personnage n'apparaît plus dans le film, alors qu'Ema occupe sa propriété : pas même réduit au stade de fantôme comme Madame, l'ancienne propriétaire des lieux dont le portrait orne le salon, il illustre l'inconsistance des personnages masculins, en germe déjà chez Flaubert avec Charles et Léon. 
Le personnage d'Emma subit aussi de notables modifications. Chez Flaubert, elle n'est ni belle ni laide; on ne connaît d'ailleurs presque rien de son apparence physique, ou quelques indications parfois contradictoires. Elle est alors comme transparente, disponible pour l'imagination, et portée par la seule envie de s'émanciper du milieu étouffant d'Yonville, petit bourg normand où elle vit. Dans le film en revanche, les traits sont plus marqués. Certes, la double incarnation d'Ema par Cecile Sanz de Alba puis Léonor Silveira atténue l'effet toujours réducteur d'une incarnation cinématographique, qui fige un personnage dans un corps en le fixant sur pellicule. Mais à travers ces deux actrices, Ema garde des traits caractéristiques forts, qui interdisent qu'on la réduise à un personnage vide, presque sans forme comme chez Flaubert. D'abord, indéniablement, Ema est belle dans Val Abraham. La plupart des personnages s'en font même l'écho. Ensuite, on constate qu'elle boîte, et cette claudication introduit une rupture dans la perfection de sa beauté, une rupture qui rétablit illusoirement l'équilibre. La beauté dérange en effet, elle crée un désordre dans l'équilibre du monde : cette idée est reprise de nombreuses fois dans le film de Manoel de Oliveira ⁸. Mais la boiterie d'Ema peut trouver quantité d'autres explications. Outre la lecture idéologique ici amorcée - contrepoids d'une beauté par trop dangereuse, expression de la nécessité d'un ordre - elle permet des interprétations esthétiques et symboliques. 
D'abord ce défaut à la jambe rappelle invinciblement le pied-bot d'Hippolyte, le garçon d'auberge de Madame Bovary, dont l'opération par Charles fut un échec. Le déplacement est savoureux : c'est comme si Ema avait hérité de la malformation d'Hippolyte, comme si Ema payait l'échec de Charles Bovary... Emma, le personnage de Flaubert, n'était d'ailleurs pas totalement innocente dans l'échec de l'opération : n'était-ce pas elle qui, avec Homais, le pharmacien, avait poussé Charles à tenter l'expérience? Tout fonctionne donc ici comme si le personnage de Manoel de Oliveira devait être marqué dans sa chair même par la faute d'Emma. Pouvait-on indiquer plus laconiquement qu'Ema porte en elle les défauts, les travers de madame Bovary, et finalement le personnage même de Flaubert ⁹ ? 
Plus précisément, la claudication d'Ema nous semble être l'emblème de son insatisfaction, comme la marque de son incapacité à vivre sur terre : en somme ce qui rappelle à la réalité ce personnage tout entier tendu vers le rêve. Le rapport d'Ema à sa boiterie est d'ailleurs riche d'enseignements, il recoupe celui d'Ema à son bovarysme : pendant la quasi totalité du film, elle cherche à dissimuler sa malformation, prenant la pose, entraînant ainsi le film dans un certain statisme. Elle n'en rencontre pas le bonheur pour autant. A la fin, elle abandonne cette attitude, cette retenue, pour offrir une rose à sa meilleure amie, Ritinha, une servante sourde et muette : Ema sort du champ, cette fois non pour fuir, mais pour servir quelqu'un, cessant ainsi de se mettre en scène, laissant le devant de la scène à cette femme de l'arrière-plan, cette femme si discrète. La boiterie d'Ema apparaît alors pleinement, en même temps qu'elle reconnaît le dévouement et la bonté de Ritinha, ainsi que sa propre inutilité, sa propre vacuité. Cette claudication enfin acceptée accompagne donc volonté de retrait et reconnaissance de l'autre, comme si le pied "malade" était le signe de tout ce qu'à tord Ema a refusé, ce à quoi elle a voulu échapper. S'abandonnant enfin à son lyrisme, lors d'un long travelling final qui apparaît comme un chant du cygne, sa démarche irrégulière évoque soudain très clairement un battement d'ailes. Mais elle mourra peu après de n'avoir pas, en quelque sorte, regardé où elle mettait les pieds, de n'avoir pas, littéralement, gardé les pieds sur terre. Toute la contradiction du personnage est concentrée là, dans cette tension entre un romanesque impossible à contenir et une lucidité toujours victorieuse. Comme l'a confié Manoel de Oliveira, Val Abraham est une histoire de pesanteur. 

Les deux travellings (arrière) du film : la démarche assurée de Simona, et l' "envol" d'Ema sous les orangers, perdue dans ses rêves sans substance. Ema ou le manque d'assise des désirs.